MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactobacillus casei LC2W chromosome

Total Repeats: 58266

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017473	TA	3	6	1	6	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017473	TCA	2	6	17	22	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017473	GGA	2	6	66	71	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017473	GAA	2	6	129	134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818535
5	NC_017473	CGGT	2	8	142	149	0 %	25 %	50 %	25 %	385818535
6	NC_017473	ACAG	2	8	164	171	50 %	0 %	25 %	25 %	385818535
7	NC_017473	CTT	2	6	220	225	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385818535
8	NC_017473	CAGC	2	8	333	340	25 %	0 %	25 %	50 %	385818535
9	NC_017473	GAA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818535
10	NC_017473	GCT	2	6	474	479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818535
11	NC_017473	ACA	2	6	504	509	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818535
12	NC_017473	TTTA	2	8	522	529	25 %	75 %	0 %	0 %	385818535
13	NC_017473	TGG	2	6	530	535	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818535
14	NC_017473	ATA	2	6	589	594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818535
15	NC_017473	CAG	2	6	598	603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818535
16	NC_017473	CAAAC	2	10	660	669	60 %	0 %	0 %	40 %	385818535
17	NC_017473	CTG	2	6	708	713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818535
18	NC_017473	GAT	2	6	720	725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818535
19	NC_017473	T	6	6	732	737	0 %	100 %	0 %	0 %	385818535
20	NC_017473	CA	3	6	752	757	50 %	0 %	0 %	50 %	385818535
21	NC_017473	GAA	2	6	759	764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818535
22	NC_017473	T	6	6	765	770	0 %	100 %	0 %	0 %	385818535
23	NC_017473	GCCT	2	8	826	833	0 %	25 %	25 %	50 %	385818535
24	NC_017473	GGTT	2	8	859	866	0 %	50 %	50 %	0 %	385818535
25	NC_017473	TAA	2	6	875	880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818535
26	NC_017473	TGTC	2	8	886	893	0 %	50 %	25 %	25 %	385818535
27	NC_017473	ACGT	2	8	1012	1019	25 %	25 %	25 %	25 %	385818535
28	NC_017473	TGA	2	6	1121	1126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818535
29	NC_017473	GAAA	2	8	1207	1214	75 %	0 %	25 %	0 %	385818535
30	NC_017473	GC	3	6	1260	1265	0 %	0 %	50 %	50 %	385818535
31	NC_017473	CGG	2	6	1307	1312	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818535
32	NC_017473	A	6	6	1345	1350	100 %	0 %	0 %	0 %	385818535
33	NC_017473	TGA	2	6	1370	1375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818535
34	NC_017473	GTT	3	9	1504	1512	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017473	CTATTA	2	12	1543	1554	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017473	TATAT	2	10	1567	1576	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017473	AGG	2	6	1590	1595	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017473	ATG	2	6	1644	1649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818536
39	NC_017473	AAC	2	6	1672	1677	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818536
40	NC_017473	CAACG	2	10	1771	1780	40 %	0 %	20 %	40 %	385818536
41	NC_017473	AAT	2	6	1787	1792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818536
42	NC_017473	TCA	2	6	1911	1916	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818536
43	NC_017473	CAT	2	6	2197	2202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818536
44	NC_017473	A	6	6	2256	2261	100 %	0 %	0 %	0 %	385818536
45	NC_017473	CAA	2	6	2455	2460	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818536
46	NC_017473	GAA	2	6	2537	2542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818536
47	NC_017473	CAA	2	6	2554	2559	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818536
48	NC_017473	GCG	2	6	2565	2570	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818536
49	NC_017473	AGA	2	6	2689	2694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818536
50	NC_017473	TCA	2	6	2715	2720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818536
51	NC_017473	CAA	2	6	2753	2758	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017473	A	6	6	2771	2776	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017473	AG	3	6	2783	2788	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017473	TGA	2	6	2789	2794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017473	T	6	6	2808	2813	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017473	ATA	3	9	2861	2869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818537
57	NC_017473	ACGT	2	8	2961	2968	25 %	25 %	25 %	25 %	385818537
58	NC_017473	GAA	2	6	2976	2981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818537
59	NC_017473	TAG	3	9	3007	3015	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818537
60	NC_017473	TCC	2	6	3027	3032	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_017473	AT	3	6	3033	3038	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017473	ATA	3	9	3077	3085	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017473	AT	3	6	3094	3099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017473	ATA	2	6	3112	3117	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017473	AAAAGT	2	12	3348	3359	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017473	AGT	2	6	3498	3503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017473	TAAT	2	8	3513	3520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017473	GAC	2	6	3532	3537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017473	ACA	2	6	3596	3601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818538
70	NC_017473	T	6	6	3619	3624	0 %	100 %	0 %	0 %	385818538
71	NC_017473	GAG	2	6	3725	3730	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385818538
72	NC_017473	GAT	2	6	3755	3760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818538
73	NC_017473	GGCC	2	8	3772	3779	0 %	0 %	50 %	50 %	385818538
74	NC_017473	TGC	2	6	3843	3848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818539
75	NC_017473	ACA	2	6	3856	3861	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818539
76	NC_017473	AATC	2	8	3923	3930	50 %	25 %	0 %	25 %	385818539
77	NC_017473	TCA	2	6	4065	4070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818539
78	NC_017473	AAC	2	6	4100	4105	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818539
79	NC_017473	CT	3	6	4111	4116	0 %	50 %	0 %	50 %	385818539
80	NC_017473	GCG	2	6	4191	4196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818539
81	NC_017473	AGC	2	6	4274	4279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818539
82	NC_017473	AGC	2	6	4295	4300	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818539
83	NC_017473	ATC	2	6	4307	4312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818539
84	NC_017473	TGAC	2	8	4343	4350	25 %	25 %	25 %	25 %	385818539
85	NC_017473	GC	4	8	4384	4391	0 %	0 %	50 %	50 %	385818539
86	NC_017473	GTT	2	6	4395	4400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818539
87	NC_017473	TGC	2	6	4419	4424	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818539
88	NC_017473	AGC	2	6	4550	4555	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818539
89	NC_017473	GC	3	6	4558	4563	0 %	0 %	50 %	50 %	385818539
90	NC_017473	GAT	2	6	4603	4608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818539
91	NC_017473	GTT	2	6	4611	4616	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818539
92	NC_017473	CAA	2	6	4660	4665	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818539
93	NC_017473	CAC	2	6	4668	4673	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385818539
94	NC_017473	TGT	2	6	4754	4759	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818539
95	NC_017473	ACC	2	6	4828	4833	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385818539
96	NC_017473	ATC	2	6	4861	4866	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818539
97	NC_017473	TGA	2	6	4890	4895	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818539
98	NC_017473	TGA	2	6	4959	4964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818540
99	NC_017473	AGG	2	6	5033	5038	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017473	AAGA	2	8	5055	5062	75 %	0 %	25 %	0 %	385818541
101	NC_017473	GAAGA	2	10	5070	5079	60 %	0 %	40 %	0 %	385818541
102	NC_017473	GGC	2	6	5090	5095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
103	NC_017473	ATG	2	6	5101	5106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
104	NC_017473	CCAG	2	8	5107	5114	25 %	0 %	25 %	50 %	385818541
105	NC_017473	AGC	2	6	5178	5183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818541
106	NC_017473	CAT	2	6	5193	5198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818541
107	NC_017473	TGA	2	6	5228	5233	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
108	NC_017473	GCTG	2	8	5237	5244	0 %	25 %	50 %	25 %	385818541
109	NC_017473	TTGAAG	2	12	5260	5271	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
110	NC_017473	ATA	2	6	5281	5286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818541
111	NC_017473	GGT	2	6	5385	5390	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818541
112	NC_017473	CGG	4	12	5396	5407	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
113	NC_017473	GTG	2	6	5491	5496	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818541
114	NC_017473	TAC	2	6	5505	5510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818541
115	NC_017473	GGCAC	2	10	5556	5565	20 %	0 %	40 %	40 %	385818541
116	NC_017473	GAT	2	6	5637	5642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
117	NC_017473	ACC	2	6	5652	5657	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385818541
118	NC_017473	GC	3	6	5714	5719	0 %	0 %	50 %	50 %	385818541
119	NC_017473	GGC	2	6	5754	5759	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
120	NC_017473	A	6	6	5790	5795	100 %	0 %	0 %	0 %	385818541
121	NC_017473	GACAA	2	10	5830	5839	60 %	0 %	20 %	20 %	385818541
122	NC_017473	TTG	2	6	5892	5897	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818541
123	NC_017473	CAA	2	6	5906	5911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818541
124	NC_017473	GGC	2	6	5928	5933	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
125	NC_017473	GAT	2	6	6015	6020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
126	NC_017473	GAT	2	6	6033	6038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
127	NC_017473	CGG	2	6	6055	6060	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
128	NC_017473	GGT	2	6	6137	6142	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818541
129	NC_017473	GGC	2	6	6245	6250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
130	NC_017473	CCTG	2	8	6302	6309	0 %	25 %	25 %	50 %	385818541
131	NC_017473	ACA	2	6	6322	6327	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818541
132	NC_017473	ATT	2	6	6353	6358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385818541
133	NC_017473	TCG	2	6	6361	6366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818541
134	NC_017473	TGG	2	6	6380	6385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818541
135	NC_017473	GAA	2	6	6489	6494	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818541
136	NC_017473	CCGATG	2	12	6583	6594	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385818541
137	NC_017473	TTG	2	6	6618	6623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818541
138	NC_017473	GCC	2	6	6686	6691	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385818541
139	NC_017473	AT	3	6	6725	6730	50 %	50 %	0 %	0 %	385818541
140	NC_017473	GAA	2	6	6741	6746	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818541
141	NC_017473	GCC	2	6	6770	6775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385818541
142	NC_017473	GAC	2	6	6842	6847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818541
143	NC_017473	TGTT	2	8	6976	6983	0 %	75 %	25 %	0 %	385818541
144	NC_017473	AAC	2	6	6990	6995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818541
145	NC_017473	GAG	2	6	7051	7056	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017473	GAT	2	6	7072	7077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818542
147	NC_017473	CGG	2	6	7207	7212	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818542
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149	NC_017473	AAG	2	6	7261	7266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818542
150	NC_017473	TTG	2	6	7277	7282	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818542
151	NC_017473	TGC	2	6	7472	7477	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818542
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153	NC_017473	GATT	2	8	7497	7504	25 %	50 %	25 %	0 %	385818542
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155	NC_017473	GTT	2	6	7540	7545	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818542
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157	NC_017473	CGGT	2	8	7595	7602	0 %	25 %	50 %	25 %	385818542
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161	NC_017473	AT	3	6	7863	7868	50 %	50 %	0 %	0 %	385818542
162	NC_017473	GAAAA	2	10	7915	7924	80 %	0 %	20 %	0 %	385818542
163	NC_017473	TGG	2	6	8069	8074	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818542
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172	NC_017473	TGAAGA	2	12	8553	8564	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385818542
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174	NC_017473	TCA	2	6	8588	8593	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818542
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181	NC_017473	ATG	2	6	8894	8899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818542
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188	NC_017473	GAC	2	6	9454	9459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818542
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192	NC_017473	GCA	2	6	9573	9578	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818542
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194	NC_017473	TAA	2	6	9693	9698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017473	TTTG	2	8	9774	9781	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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210	NC_017473	AGA	2	6	10604	10609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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225	NC_017473	AGG	2	6	11226	11231	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
226	NC_017473	ATC	2	6	11271	11276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818545
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231	NC_017473	CAA	2	6	11492	11497	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818545
232	NC_017473	T	6	6	11545	11550	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
233	NC_017473	TCA	2	6	11710	11715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818546
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235	NC_017473	CGTA	2	8	11805	11812	25 %	25 %	25 %	25 %	385818546
236	NC_017473	GTC	2	6	11850	11855	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818546
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245	NC_017473	GGA	2	6	12239	12244	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
246	NC_017473	CAA	2	6	12257	12262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818547
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248	NC_017473	CGT	4	12	12275	12286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818547
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250	NC_017473	AT	3	6	12319	12324	50 %	50 %	0 %	0 %	385818547
251	NC_017473	TTG	2	6	12344	12349	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818547
252	NC_017473	TCT	2	6	12460	12465	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385818547
253	NC_017473	AGA	2	6	12478	12483	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818547
254	NC_017473	AAGA	2	8	12486	12493	75 %	0 %	25 %	0 %	385818547
255	NC_017473	A	7	7	12497	12503	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_017473	T	7	7	12535	12541	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
257	NC_017473	ATT	2	6	12542	12547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
258	NC_017473	A	6	6	12552	12557	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_017473	AGA	2	6	12612	12617	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
260	NC_017473	ATTA	2	8	12658	12665	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_017473	GAA	2	6	12681	12686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
262	NC_017473	TAG	2	6	12745	12750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
263	NC_017473	TA	3	6	12819	12824	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_017473	TAA	2	6	12826	12831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_017473	TGT	2	6	12841	12846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
266	NC_017473	GGA	2	6	12874	12879	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
267	NC_017473	AAT	2	6	12898	12903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818548
268	NC_017473	AAG	3	9	12907	12915	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818548
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